Η δομή και η λειτουργία της Τράπεζας της Ελλάδος είναι προσαρμοσμένες στον ιδιαίτερο ρόλο και στην αποστολή της, αυτοτελώς και ως μέλους του Ευρωπαϊκού Συστήματος Κεντρικών Τραπεζών (ΕΣΚΤ) και του Ενιαίου Εποπτικού Μηχανισμού (ΕΕΜ).
Η διοικητική της δομή, εξασφαλίζει τη λήψη αποφάσεων με διαφάνεια, ανεξαρτησία και συνέπεια, η οργανωτική της διάρθρωση βασίζεται στο διαχωρισμό αρμοδιοτήτων ώστε οι ευθύνες να είναι σαφείς και διακριτές, ενώ το ισχυρό πλαίσιο εσωτερικού ελέγχου επιτρέπει στην Τράπεζα να διεκπεραιώνει αποτελεσματικά τα καθήκοντά της και να επιτελεί με αξιοπιστία το σκοπό της.